Синдзи Икари начинает привыкать к мысли, что его жизнь, возможно, не будет состоять только из боли и страха. Он больше не тот мальчик, который трясся в кабине Евангелиона и мечтал сбежать. Он сражается, возвращается домой, где его встречают — пусть не объятиями, но хотя бы молчаливым присутствием. Он ходит в школу, пытается извлечь звук из виолончели, смотрит на город, который всё ещё стоит, несмотря на всё. Постепенно, шаг за шагом, он учится не ждать удара каждую секунду.
А потом появляется Аска Лэнгли Сикинами. Её присылают из Германии, и она врывается в его жизнь без стука. Громкая, резкая, самоуверенная — Аска объявляет, что будет жить под одной крышей с Синдзи и Мисато. Она кричит, что она лучший пилот, и готова доказывать это в каждом бою, на каждой тренировке, в каждой мелочи. Она требует внимания, требует признания, требует, чтобы её замечали. И Синдзи замечает. Ему кажется, он начинает понимать, что за всей этой бравадой прячется кто-то, кто боится остаться одна ещё сильнее, чем он сам.
Вместе с Аской приходит и Мари Илластриэс Макинами. Та, которая пилотирует Еву-05 — хлипкую, нелепую машину, рассыпающуюся после первого же удара. Мари дерётся с улыбкой на лице, смеётся, когда её Евангелион теряет конечности, и не задаёт лишних вопросов. Она выглядит безумной. Но, возможно, это единственный способ не сойти с ума, когда каждый бой может стать последним.
Жизнь в NERV обретает новую форму. Синдзи, Аска и Рей — три пилота, три совершенно разных человека, которых свела война. Они учатся быть командой. Учатся терпеть друг друга. Учатся, сами того не замечая, становиться чем-то большим, чем просто коллегами.
Но пока они пытаются жить обычной жизнью, внизу, в недрах штаб-квартиры, готовится нечто иное. Гэндо Икари и Seele запускают проект совершенствования человечества. Тот самый, ради которого всё это время строились Евангелионы, сражались пилоты, гибли люди. В этом проекте Синдзи, Рей и загадочный Каору Нагиса — не герои. Они — инструменты. Пешки в игре, где ставка — судьба всего человечества. Каору переводится в школу Синдзи, смотрит на него с непонятной теплотой и говорит вещи, которые тот не может понять. Но что-то внутри подсказывает Синдзи: этот парень знает больше, чем говорит.
Когда приходит следующий Ангел, всё рушится. Ева-03, которую пилотирует Аска, оказывается заражена. Ангел проникает внутрь, и машина превращается в ловушку. Аска внутри, без сознания, её разум сходит с ума от боли. Приказ с командного пункта: уничтожить Еву-03 вместе с пилотом. Не дать Ангелу вырваться наружу. Синдзи слышит это по связи. И впервые за всё время он отказывается.
Ему приказывают. Угрожают. Активируют дистанционное управление его Евой. Но Синдзи не сдаётся. Он не может. Он не позволит убить Аску. Даже если это значит пойти против отца. Даже если это значит уничтожить командный пункт. Даже если это значит разбудить то, что спать не должно. Он выбирает не человечество. Он выбирает человека. И когда Евангелион-01 выходит из-под контроля, когда на экранах появляется то, что должно было остаться запертым, Синдзи даже не осознаёт, что только что пересёк черту, за которой нет возврата.
