2015 год. Планета выглядит не так, как должна. Береговые линии сместились, города ушли под воду или выстроены заново на насыпных холмах. Второй удар, который официально назвали падением метеорита, стёр с лица земли Антарктиду и унёс жизни миллиардов. Мир выжил, но стал другим. И теперь на него приходят Ангелы. Гигантские существа, которым плевать на танки, ракеты и армии. Они появляются из ниоткуда, крушат всё на своём пути и исчезают, оставляя после себя руины.
Единственное оружие, способное с ними справиться, — это Евангелионы. Человекоподобные биомашины, которые созданы по технологии, о которой никто не говорит вслух. Управлять ими могут только дети, родившиеся после Второго удара. И один из них — Синдзи Икари.
Синдзи получает письмо. Вызов. Отец, который бросил его много лет назад и даже не звонил на дни рождения, вдруг хочет его видеть. Синдзи приезжает в Токио-3, подземный город-крепость, где находится штаб-квартира NERV. В поезде он знакомится с Мисато Кацураги — женщиной, которая пьёт пиво с утра и почему-то решает, что должна за ним присмотреть. По пути к отцу их застаёт воздушная тревога. Ангел в небе. Город в панике.
Синдзи добирается до NERV, спускается в подземный бункер и наконец видит отца. Гэндо Икари, командующий организацией, холодный, непроницаемый. Синдзи открывает рот, чтобы сказать всё: как он злился, как ждал, как ненавидел. Но отец говорит первым. Он не спрашивает, как у Синдзи дела. Не извиняется за годы молчания. Он говорит: «Садись в Евангелион».
Синдзи отказывается. Конечно отказывается. Он не военный, не пилот, не герой. Он просто парень, который хотел, чтобы его хотя бы раз обняли. Но Мисато тащит его в медпункт, где лежит девушка его возраста с бинтами на лице. Рей Аянами. Её должны были посадить в Еву-01, но она ранена. Если Синдзи не сядет, город уничтожат. И люди, которые там остались, погибнут. Синдзи смотрит на отца, который даже не моргнул. И делает выбор. Не потому что он храбрый. Потому что остаться в стороне страшнее.
