Синдзи Икари просыпается в капсуле Евангелиона-01. Последнее, что он помнит, — бой с десятой Ангелом, вспышка света и ощущение, что он теряет себя. А теперь перед ним потолок незнакомой комнаты, всё тело затекло, а в голове — вата. Он выбирается наружу и не узнаёт ни коридоры, ни людей, ни небо за окнами. Кругом руины, красное марево, корабли, парящие в воздухе, и лица, которые он когда-то знал, но теперь они выглядят так, будто прожили ещё одну жизнь. Что, в общем-то, правда.
Ему объясняют позже. Или не объясняют, а просто кидают фактами, как камнями. Прошло четырнадцать лет. После того боя случился Третий удар. Нет, не он. Почти. Синдзи запустил цепную реакцию, которая едва не уничтожила мир. Теперь Земля в том состоянии, в котором вы её видите. А он, Синдзи Икари, — главный виновник. И на всякий случай на него надели ошейник, который взорвут, если он сделает что-то не так.
Он встречает старых знакомых. Мисато, которая когда-то встретила его на вокзале, напоила пивом и сказала, что он не один, теперь командует военной организацией Wille. Она смотрит на Синдзи холодно, и на её шее висит пульт от его ошейника. Аска, которая когда-то жила с ним под одной крышей и кричала, что он тряпка, теперь на пятнадцать лет старше, покрыта шрамами и встречает его ударом ноги. Рей больше нет. Есть другая — молчаливая копия, которая смотрит пустыми глазами и не понимает, почему он плачет.
Единственный, кто смотрит на Синдзи без ненависти, — Каору Нагиса. Парень, который появляется из ниоткуда, знает его имя, улыбается и говорит, что ждал этой встречи. Он единственный, кто называет Синдзи по имени без презрения. Он обещает, что всё можно исправить. Что они сядут в Евангелион вместе и всё вернут. Синдзи, который потерял всё, за что мог бы зацепиться, хватается за эту руку. Потому что больше не за что.
А потом приходят Ангелы. Или то, что от них осталось. Синдзи сажают в Еву-13, и он вынужден сражаться. Но теперь его противники — не чудовища. Его противники — Wille, бывшие друзья, которые считают, что Синдзи нельзя позволить сделать ни шага. Они готовы уничтожить его вместе с Евангелионом, лишь бы не случилось то, что они боятся больше всего. Синдзи оказывается между двух огней. С одной стороны — ненависть тех, кто когда-то его защищал. С другой — надежда, которую предлагает Каору. И он должен выбрать.
