Всё кончилось. Ангелы больше не приходят, город Токио-3 лежит в руинах, а те, кто должен был защищать человечество, оказались никому не нужны. Организация Seele, которая всё это время стояла за спиной NERV, решает, что пилоты и Евангелионы выполнили свою функцию. А значит, их пора уничтожить. Вместе со всеми свидетелями. И вместе с теми секретами, что хранятся под штаб-квартирой.
Синдзи Икари уже не пилот. Он просто подросток, который натворил дел, которого никто не понимает и который сам не понимает, чего хочет. Когда начинается штурм, он сидит в камере — в наказание за то, что чуть не уничтожил базу, спасая Аску. Да, спасение здесь считается преступлением. Армия врывается в геофронт, люди в форме расстреливают сотрудников NERV, Евангелионы-04 и-05 перемалывают защитников в фарш. Аска, которая была в коме после боя с последним Ангелом, приходит в себя только для того, чтобы увидеть, как её Еву-02 пронзают копьями на виду у всей страны в прямом эфире.
Тем временем Гэндо Икари, отец Синдзи, запускает то, ради чего всё затевалось. Он приводит Рей Аянами к гигантской Лилит — белому существу, запертому под штабом, — и начинает слияние. Он хочет не спасти мир и не уничтожить его. Он хочет воссоединиться с женой, которая уже давно мертва. Ему плевать на всех остальных.
Синдзи оказывается в кабине Евангелиона-01. Не потому, что хочет сражаться, а потому что больше некуда идти. И тут перед ним встает выбор. Seele предлагает запустить Проект Дополнения Человечества — превратить всех людей в оранжевую жижу, слить в единое целое, где не будет боли, одиночества и непонимания. Где все станут одним. Звучит как спасение? Или как смерть всего, что делает человека человеком?
Синдзи сходит с ума прямо в кабине. Ему показывают всех, кого он потерял. Его заставляют выбирать, кого любить, зная, что любой выбор причинит кому-то боль. Ему дают власть над судьбой всего человечества, хотя он не может разобраться даже в собственных чувствах. И в какой-то момент он ломается. Потому что быть человеком — это больно. Потому что любить — значит бояться потерять. Потому что проще сделать так, чтобы боли больше не было.
